Kazuma Kiryu, protagonista první akční bojovky Yakuza, je jmenován čtvrtým předsedou Tojo klanu, ale neočekávaně ve stejný den z tohoto klanu odchází. Jeho osobně zvolený následník je zavražděný bývalým spojeneckým gangem nazvaným Omi.
Tyto události uvedly do chod strhující děj, který sleduje Kazumovo cestování skrz Japonsko, na kterém by mohla být poslední možnost odvrátit totální válku mezi klany Tojo a Omi.
16 dramatickým příběhem provázaných kapitol. Vylepšený systém boje umožňující bojovat až s několika protivníky naráz. Dvakrát tak strhující prostředí oproti jedničce
