Ve hře Star Trek: Invasion hrajete za Ryana Coopera, kadeta jednotky jménem Red Squadron. Tato se nachází ve hvězdném systému Titan během roku 2377, kdy vrcholí konflikt známý ve světě Star Treku jako Dominion Wars. Armáda Borgů se přiblížila klingonským systémům a Red Squadron je povolána na pomoc. Objeví se však i noví protivníci, rasa známá jako Kam’Jahtae, potomci klingonských nepřátel Hur’q, kteří zaútočí ve snaze získat zpět svá území. Posádka lodi USS Typhon, na které má Red Squadron základnu, v čele se známým klingonským velitelem Worfem, musí zachránit galaxii před touto nečekanou invazí. Jako hráč budete ovládat vesmírnou stíhačku až šesti typů ve třiceti misích. Budete se účastnit akce proti známým rasám ze Star Treku, jako jsou Borgové, Romulané, Cardassiané, i novým protivníkům Kam’Jahtae. Mezi misemi se pobavíte se známými postavami jako je velitel Worf nebo kapitán Picard.
